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细菌DNA硫化修饰研究新进展
上海交通大学生命科学技术学院、微生物代谢国家重点实验室吴更教授与武汉大学王连荣、陈实教授团队合作,揭示了细菌DNA硫化修饰中催化第一步反应的半胱氨酸脱硫酶发生构象变化,使其活性位点半胱氨酸朝向底物半胱氨酸移动5.5埃以发起攻击的催化机制。最新研究成果以“Structural Analysis of an L-Cysteine Desulfurase from an Ssp DNA Phosphorothioation System”为题发表在《mBio》杂志上。刘立琼等为第一作者,吴更、王连荣为通讯作者,上海交通大学生命科学技术学院、微生物代谢国家重点实验室为第一单位。本文是团队自2018年Nature Communications上发表的细菌采用SBD结构域识别硫化修饰DNA的结构机理及2020年Nature Microbiology上发表的II型DNA硫化修饰系统的SspB、SspE晶体结构的延续和扩展。 在细菌的DNA硫化修饰(不管是早先发现的Dnd修饰系统还是新近发现的Ssp修饰系统)途径中,都由一个半胱氨酸脱硫酶催化第一步的反应,即半胱氨酸脱硫酶的活性位点半胱氨酸对底物半胱氨酸上的硫原子发起亲核攻击反应,将活化的硫原子转移到半胱氨酸脱硫酶的活性位点半胱氨酸上,以进行后续的将硫原子加进DNA的反应。2020年4月初团队在Nature Microbiology上发表的文章“SspABCD-SspE is a phosphorothioation-sensing bacterial defense system with broad antiphage activities”,从探索海洋弧菌的高频单链磷硫酰化修饰入手,通过比较基因组学和分子遗传学手段,鉴定出以SspABCD为修饰元、SspE为限制元的单链磷硫酰化限制-修饰系统。该系统与之前发现的磷硫酰化(以DndABCDE为修饰元以产生双链DNA磷硫酰化、DndFGH为限制元)的Dnd系统均迥然不同,并首次阐明了细菌磷硫酰化限制-修饰系统赋予宿主抑制噬菌体入侵的能力。同时,通过结构生物学和生物化学手段,解析了SspB蛋白的晶体结构,揭示其两个保守motif的关键残基对其DNA缺刻酶活性非常重要;解析了SspE蛋白的晶体结构,发现其N端结构域有依赖于DNA磷硫酰化修饰的NTP水解酶活性,而其C端结构域有DNA缺刻酶活性,从而阐明了该系统DNA磷硫酰化修饰与限制两部分功能耦合的分子机理。研究还发现SspABCD作为修饰蛋白在宿主基因组DNA上产生磷硫酰化修饰,SspE作为限制元能够感应基因组DNA上的磷硫酰化修饰从而区别宿主自身与外源的遗传物质,并利用其核酸酶活性对入侵噬菌体的DNA进行大范围的缺刻,从而抑制噬菌体DNA的复制。 本研究解析了新发现的II型DNA硫化修饰系统中的半胱氨酸脱硫酶SspA(来源于弧菌)与底物半胱氨酸的复合物晶体结构,分辨率为1.8埃。结构揭示SspA通过其天冬酰胺N150和精氨酸R340残基来识别底物半胱氨酸,如果将这两个残基突变则会严重破坏细菌的DNA硫化修饰。在结构中,SspA的活性位点半胱氨酸C314与底物半胱氨酸的距离长达8.9埃,这就产生了一个有趣的问题——SspA是怎么催化脱硫反应的?通过计算机分子动力学模拟,作者发现SspA的活性位点半胱氨酸C314在催化过程中向底物半胱氨酸移动了5.5埃,从而把它们之间的距离缩短到便于发生反应的范围内。本研究通过简正模式分析,发现弧菌的SspA、大肠杆菌的IscS、链霉菌的DndA(这两个都是I型DNA硫化修饰系统的)的活性位点半胱氨酸虽然处在不同的相对位置和不同的二级结构上,但都有着向各自的底物半胱氨酸的运动。 本研究进一步通过在上海光源BL19U2生物小角X射线散射(简称SAXS)线站收集的数据,从头搭建了SspA在溶液中结构的分子模型。发现SspA在溶液中的结构与分子动力学模拟后SspA的结构更为接近,它们之间的SAXS数据的χ2偏差只有1.04埃,远低于从SspA的晶体结构推算出的SAXS数据之间的χ2偏差3.70埃。这从实验上证实了前述的计算机分子动力学模拟和简正模式分析的结果。 弧菌SspA的活性位点半胱氨酸在催化过程中,活性位点半胱氨酸朝向底物半胱氨酸移动了5.5埃的距离 (A)分子动力学模拟  (B)简正模式分析   (C)小角X射线散射实验数据与晶体结构经过分子动力学模拟后的结果和晶体结构的比较   本研究通过X射线晶体结构解析、分子动力学模拟、小角X射线散射等多种研究手段的结合,揭示了细菌DNA硫化修饰这一神奇现象中催化关键的第一步半胱氨酸底物脱硫反应的酶的催化机理,解答了半胱氨酸脱硫酶家族是如何克服活性位点半胱氨酸与底物半胱氨酸之间很长的距离这一长期悬而未决的问题,使人们对于细菌DNA硫化修饰的认识和理解又前进了一步。该研究获国家自然科学基金(31872627、31670106)的支持。​​​​
上海交通大学 2021-04-11
XM-843DNA结构及复制模型
XM-843 DNA结构及复制模型   XM-843DNA结构及复制模型显示DNA的结构及复制。 尺寸:放大,20.5×20.5×11cm 材质:PVC材料
上海欣曼科教设备有限公司 2021-08-23
DNA和RAN在细胞中的分布
宁波华茂文教股份有限公司 2021-08-23
5G+AI 云边一体化智慧出行解决方案
5G+AI 云边一体化智慧出行解决方案,针对道路事故率高、交通拥堵困局、道路交通监管难、公共交通信息阻塞等问题,汇集了5G 通信、AT 算力资源平台、AI 算法、边缘计算网关、车路协同、智慧灯杆、大数据管理平台等诸多软硬件技术成果,具有充分的综合性、创新性、协同性、大集成等特征,同时将 5G、AI、物联网、大数据、云边一体化等技术交互融合,实现交通流感知、交通事件感知、配时方案优化、智慧灯杆、边缘计算网关等功能。 建设进展 研发方向一:网络建设规划南京移动在新港地区优先投入5G建设资源,目前新港开发区范围内,共 规划5G站点114个,其中宏站82个,杆站32个;已开通宏站27个。本项 目规划恒竞路需求站点11个,宏站9个,杆站2个,厂区内部宏站2个,兴 智路需求站点6个,其中宏站2个,杆站4个。 研发方向二:AI云平台研发 南邮信产院投入建设AI云平台,为人工智能提供算力支撑,为算法模型训练提供海量数据和开发环境,为区内 人工智能企业及高校科研人员提供一站式人工智能产业服务,带动人工智能技术的提升。目前已建成。 研发方向三:智慧灯杆+边缘网关 智慧灯杆:场景载体,环境感知等多功能实现。 边缘网关:各个功能互通互联的媒介 目前智慧灯杆进入融合各家设计阶段。 研发方向四:车路协同/无人驾驶交通流感知-实时感知城市交叉口内车流量、速度、排队长度、占有率等数据。交通事件感知-提供停车,逆行,超速,拥堵,变道等事件信息,并提供照片和视频。车路协同-将感知数据下发至无人驾驶车辆,车辆根据获得的信息自动优化行驶路线。配时方案优化-将感知数据直接下发到交通信号机,实时生成交通信号配时方案,下发至交通信号机,实现路口单点自适应控制。 研发方向四:车路协同/无人驾驶建设面向L4级无人驾驶的车路协同系统。主要是车路协同系统车端建设。通信网络建设方面:参与对5G网络的验证,协助验证5G网络与无人驾驶的互联互通。 大数据平台建设方面:其无人驾驶车可以在多场景应用,充当城市各种数据收集的载体。 车路协同云控平台建设方面:承担车路协同云控平台建设。 关注重点 开放性场景定义:一般是指城市基础设施建设运营管理、产业发展、民生服务等领域,对新技术新产品有应用需求的各类工程、项目。通过应用场景开发建设,可以推进新技术新产品的示范应用和迭代升级,助力新技术新产品推广应用。《南京市关于加快应用场景开发建设2021年行动方案》围绕5G+AI云边一体化创新应用示范道路,向全产业链(企业、科研机构等)开放能力。一是路侧基础设施开放,在南京南邮信息产业技术研究院有限公司统筹管理下,开放路侧龙门架、杆位等资源,以及相应的供电 、联网能力,为路侧生态参与者提供宝贵的示范场地;二是数据开放,在保障信息安全和公共隐私的前提下,开放路侧时空全覆盖的结构化与非结构化数据,形成"兴智路数据集",为产业发展注入珍贵的稀缺数据资源;三是应用开放,建立其他生态参与者加入的申请入口,规范开放"数据集",通过互联网、展厅等线上线下渠道向全社会展示 5G+AI云边一体化创新应用示范道路的成效。 示范性在中国(南京)智谷的指导下,本项目参与四方集聚各自技术及资源优势,群策群力,协同创新,紧密且高效地推进建设计划;将5G、AI、物联网、大数据、云边一体化等技术交互融合,期望建成经开区人工智能产业方向上的标志性应用场景,树立良好的示范典型。 先进性5G+AI云边一体化创新应用示范道路"项目,针对道路事故率高、交通拥堵困局、道路交通监管难、公共交通信息阻塞等问题;汇集了5G通信、AI算力资源平台、边缘计算网关、车路协同、智慧灯杆、大数据管理平台等诸多软硬件技术成果;与其他单纯的车路协同场景、智慧灯杆场景相比,具有充分的综合性、创新性、协同性、大集成等独特特征和 充分的先进性。
南京邮电大学 2021-05-11
10G 一体化网络数据深度安全检查和分析系统
当前网络安全技术发展的主流是向全息安全(Holistic Security)发展。无论是网关与端点的结合即网络准入控制(Network Admission Control),还是入侵防御与泄露防范 (Information Leakage Prevention)的共生,无论是无线与有线兼容,亦或信息安全与数据安 全的结合,都是安全防护技术一体化和集成化在不同侧面的具体表现。在这一发展潮流之中, 传统的安全网关也从单纯防火墙的边界保护(perimeter protection)门卫角色,发展到统一 威胁管理(UTM)的区域保护(local protection)首领地位,不但监控经过的各类流量,而 且监控邻域以致虚拟邻域的终端、应用和数据。本项目将自主知识产权的专利技术研究与成熟的工程队伍和技术创新机制相结合,研制 了基于软硬件协同的应用系统,具有完善的多层次协议分析与过滤能力;具备细粒度访问控 制、入侵检测和防御、防病毒、VPN、反垃圾邮件、内容过滤、流量监控、安全策略统一部 署等安全能力。由于单台设备能够承受超过 20G 的系统吞吐量、10G 的安全能力、7G 的内容过滤流量,依照电信 2M 上网带宽的标准,可以为电信提供至少 3500 个用户的接入,效益十分可观。 对于企业来说,通过高性能 UTM 的内容过滤,将大大降低遭受病毒、垃圾、钓鱼等攻击的 危险性,为企业良好的网络运行提供了有力的保障。在 UTM 领域,内容过滤的准确度、内容过滤性能提高和协议兼容性是应用层处理所面 临的共同问题。例如 NAI-McAfee 的防病毒网关每秒最多只能处理几十个电子邮件,防垃 圾邮件处理能力性能更低,其他厂家针对性能的提高提出了各种方案,将性能提升到上百封 的处理能力,但是如何解决慢速网络连接下的协议兼容性和流畅性并未得到改善,局部性能 的提高,并不能在整体上带来好的用户体验。再比如,在 http 协议的处理上,传统代理架 构的方式必将被淘汰,就算在内容过滤上能够做到每秒上 G 的性能,但是代理过程的延时 几乎没有用户可以接受,如何在流的方式下提高并行处理能力,如何在协议允许的范围内提 高反馈能力,都是需要值得延伸的技术研究。应用层安全网关功能的发展呼唤着新的软硬件 解决方案,像 Tarari 这样专门从事内容过滤(特别是 XML 处理)芯片设计的厂商将在短期 内增多并大有用武之地。总之,安全功能在 OSI 协议架构单层上的集成正在完成,多层间 的集成未艾,并需要有新的硬件平台和软件实现来突破性能瓶颈。当前最重要的目标是带动国产 UTM 性能上突破 10Gbps,从而推动国产高端 UTM 产品 的成熟和完善,提高国产高端 UTM 产品的市场竞争力,使自主知识产权的国产 UTM 在高 端市场上逐步占据主导地位,满足国内迅速增长的网络安全产品市场需求,为建设我国信息 安全框架提供基础产品,更好地保障我国网络信息安全。
清华大学 2021-04-11
蓖麻生物质产业链
项目简介: 南开大学瞄准气候变化大课题,开发“蓖麻生物质产业链”十几年,组建了南开大学蓖麻国家级工程中心平台,已形成“生物基航油、 生物基滑油、生物基材料、育种种植”全产业链四个板块产业化成果, 2015 年国家发改委把“基于能源作物蓖麻的全产业链高值化利用技 术”列入《国家重点推广的低碳技术实施指南》首批 23 个项目之一, 2016 年又推荐列入了亚太地区重点投资的 47 项优秀低碳技术之一。 ●小蓖麻、大产业 蓖麻种植耐旱耐盐碱、适应性强、管理相对简单,蓖麻油原料分 子结构独特、下游产品丰富,涉及新能源、新材料、精细化工、医药 农药等多领域,产品深加工增值层次高,经济效益巨大。
南开大学 2021-04-11
一种铸模牵引链
简介:本发明公开了一种铸模牵引链,属于连续铸造与输送设备技术领域。该铸模牵引链包括水平铸模、普通链节组和专用链节;专用链节前、后与普通链节组联接形成闭合的环形链。专用链节由两根长轴和两侧的内侧板固定联接而成,一根长轴上空套托辊,另一根长轴上装有轴瓦和轴承座。铸模上表面布有铸孔,下表面的一侧与长轴上的轴承座固定联接而另一侧与长轴上的托辊接触。本发明所提供的铸模牵引链适用于工作环境恶劣的铝铁连续铸造机,具有能快速更换铸模、轴瓦或链节组,工作可靠性高,生产效率高的特点。  
安徽工业大学 2021-04-13
基于区块链的溯源系统
北京工业大学 2021-04-14
星间通信链路技术
天津大学微波太赫兹微电子系统实验室结合微波空间通信和激光空间通信的优点,提出了一种介于红外激光和毫米波的中间频段,兼顾微波通信和激光通信优点又能克服二者的缺点,可同时满足大于1Gbps高速传输要求和万公里距离以上远距离传输要求的新型光电子学太赫兹星间通信系统。利用标准商用工艺、通过自主研发解决小型化的片上太赫兹信号源、巨量太赫兹天线阵列以及太赫兹空间功率合成等技术难题。该工作目前得到了航天五院卫星事业部的支持。
天津大学 2021-04-14
一种水压链锯
本发明公开了一种水压链锯,手柄连接开关阀,开关阀的侧面设有扳机,开关阀连接海水或淡水液压马达的进水通道,海水或淡水液压马达的出水通道引向工作链锯,海水或淡水液压马达的输出轴连接传动齿轮,传动齿轮连接工作链锯。为实现对低粘度海水介质的可靠密封,开关阀设计为阀芯与阀座间线接触密封形式,同时对阀芯做了液压力平衡处理,以减小开关阀的操作力。本发明直接以海水或淡水为工作介质,具有环保、可靠性高、操作深度大、操作简单、方便维修的特点,能安全可靠地用于水下切割混凝土、钢筋混凝土、管道、砖料和石材。
华中科技大学 2021-04-14
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