本成果采用最新的深度学习和分子模拟算法，结合新一代分子特征化方法，开发了多种计算机模型，可用于药物开发中的多个阶段，为药物的快速设计开发提供一个完整的基于人工智能的解决方案。 成果：1.药物毒性预测方法：传统的化合物毒性检测技术一般需要使用生化试验、细胞实验、甚至动物模型，这些方法不仅耗费大量时间，而且成本很高。使用计算模型进行有机化合物的毒性预测，所需投入较少，但产出巨大。特别是基于化合物的物理化学和结构特性的计算模型，甚至能够在化合物合成之前就对其进行预测，大大提高了效率，使其越来越受到欢迎。在进行体外和体内试验之前先使用计算机模型对化合物进行大规模的毒性筛选，能够更好地解决候选药物具有毒性的问题。我们建立了一套新的基于多种分子指纹和机器学习算法的化合物毒性预测集成学习算法，运用此集成学习算法建立了新的有机化合物致癌性、致突变性和肝毒性预测模型。我们分别建立了名为CarcinoPred-EL (http://112.126.70.33/toxicity/CarcinoPred-EL/, 致癌性预测)、MutagenPred-EL (http://112.126.70.33/toxicity/MutagenPred-EL/, 致突变性预测)、LiverToxPred-EL (http://112.126.70.33/toxicity/LiverToxPred-EL/, 肝毒性预测)的预测服务器，这些服务器能够为使用者提供更高效更便捷的预测技术服务。自2017年服务器发表起，我们已为国内外药物分子设计研究者提供了5000多次共计超过20多万个化合物的毒性预测服务。在有机化合物毒性预测研究方向，我们主要完成了化合物的细胞毒性、心脏毒性、生殖毒性、血脑屏障透过性、水生生物毒性预测模型，以及糖尿病早期筛查模型的开发，正在进行P450酶阻滞剂性预测模型、基于图神经网络的毒性预测算法研究、基于分子对接的化合物毒性预测研究等。相关研究成果已发表多篇学术论文（Zhang L., et al. Scientific Reports, 2017, 7: 2118. WOS被引次数80，ESI 1%高被引论文；Ai H., et al. Toxicological Sciences, 2018, 165: 100-107；Yin Z., et al. Journal of Applied Toxicology. 2019, 39(10): 1366-1377；Ai H., et al. Ecotoxicology and Environmental Safety. 2019, 179: 71-78；Liu M., et al. Toxicology Letters. 2020, 332: 88-96；Feng H., et al. Toxicology Letters. 2021, 340: 4-14；Li S. et al. Interdisciplinary Sciences: Computational Life Sciences. 2021, 13: 25-33.） 致癌性预测服务器首页 致癌性预测结果页 相关综述对本服务器的介绍 RF-hERG-Score预测药物引起的hERG相关心脏毒性 2.药物设计方法：在计算机上对药物靶点和药物分子的结构和活性建模，计算药物与靶点之间的相互作用关系，从而设计出具有治疗作用的药物。计算机辅助药物设计可以为药物设计各阶段的实验方案提供有意义的指导，减少需要通过实验评估的候选药物的数量，从而加快新药研发速度。我们应用分子对接、分子动力学模拟、自由能计算、机器学习等方法研究流感病毒等重要疾病的计算机辅助药物设计、并开发更有效的计算机辅助药物设计方法。在计算机辅助药物设计研究我们主要完成了流感病毒M2质子通道蛋白抑制剂虚拟筛选方法研究，正在进行先导化合物生成模型研究、基于机器学习的虚拟筛选打分函数算法开发、SARS-CoV-2病毒S蛋白与受体相互作用及药物设计研究。 特异性重打分函数显著虚拟筛选性能显著较高 筛选出两个候选抑制剂 3.药物靶点识别方法：长非编码RNA（lncRNA）是一种长度在200nt至100,000nt之间的非编码RNA，是转录物的主要成分。研究表明lncRNA在许多生物学和病理学过程中起着重要作用。lncRNA起作用的重要途径是与其靶蛋白结合。lncRNA-蛋白质相互作用的实验研究需要大量资源。累积的实验数据使得通过计算方法预测lncRNA-蛋白质相互作用成为可能。我们使用各种数学建模和机器学习方法开发了几种用于预测lncRNA-蛋白质相互作用的新模型。这些模型命名为：RWLPAP（随机游走），LPI-NRLMF（邻域正则化逻辑矩阵分解），IRWNRLPI（集成随机游走和邻域规则化Logistic矩阵分解），LPI-BNPRA（双向网络投影推荐算法），LPI-ETSLP（基于特征值变换的半监督链路预测），HLPI-Ensemble（集成学习）。在交叉验证中，我们的模型获得了较好的预测性能。 lncRNA-蛋白质相互作用预测模型的性能比较 lncRNA-蛋白质相互作用预测服务器相关软件著作权：

株型紧凑，全株叶片数 20 片，幼苗叶鞘绿色，叶片深绿色，叶缘绿色，花药绿色，颖壳绿色。株高 236 厘米，穗位高 89 厘米；果穗筒型，穗长 18 厘米，穗行数 14 行，穗轴白色，籽粒浅紫色，百粒重（鲜籽粒）31 克。在黄淮海夏玉米区出苗至鲜穗采收期 75 天。经黄淮海糯玉米品种区域试验组织的专家品尝鉴定，达到部颁鲜食糯玉米二级标准。2007～2008 年参加黄淮海鲜食糯玉米品种区域试验，两年平均亩产（鲜穗）766.2 千克，

鲜食型紫糯玉米一代杂交种。株型紧凑，幼苗叶鞘绿色，鲜穗采收期平均75 天，株高平均 238 厘米，穗位平均 84 厘米，全株叶片数 20 片。在 2004-2005年鲜食玉米区域试验中，平均亩产鲜穗数 3579 个，比对照鲁糯 6 号增产 2.4%。果穗筒型，商品鲜穗穗长 19.3 厘米，穗粗 4.5 厘米，秃顶 0.3 厘米，籽粒紫色、糯质，果皮厚度中等，风味品质好于对照鲁糯 6 号。平均亩收鲜穗 3453 个，适宜在积温≥18

可以量产/n成果简介：华油杂16号由不育系8086A和恢复系L-6275选育而成，属半冬性甘蓝型油菜细胞质雄性不育三系杂种，全生育期225天左右。2005-2007年在河南省正式区试中，两年平均亩产量196.59kg，比对照杂98009增产7.54％。在2006－2007年河南省生产试验中，平均亩产量198.13kg，比对照杂98009增产3.32％。经农业部油料及制品质量监督检验中心分析，华油杂16号芥酸含量0.1％，硫苷含量17.38μmol/g，含油量44.84％。于2007年、2009年分别

可以量产/n成果简介：华油杂6号是利用不育系8086A和恢复系7-5配制的高产、优质、抗倒伏、早熟、适应性广的杂交油菜新品种。在2000-2002年国家长江下游区试中，两年平均亩产145.05kg，比对照“中油821”增产15.52％， 居参试双低品种首位，芥酸含量0.4％， 硫苷含量27.78μmol/g，含油量40.4％。2002年通过湖北省和安徽省品种审定，2003年通过湖南省和全国品种审定，2004年通过河南省品种审定和四川省品种认定，2005年通过湖北省品种审定，2008年通过贵州省品种审

可以量产/n成果简介：华油杂9号是利用不育系986A和恢复系7-5配制的高产、优质、抗（耐）病性强、抗倒伏、适应性广的杂交油菜新品种。2002-2004年在全国长江下游区域试验中，两年平均亩产170.84kg，比对照“中油821”增产24.57％，连续两年居参试品种首位，芥酸含量0.56％， 硫苷含量22.57μmol/g，含油量41.34％。2003年通过湖北省品种审定。2004年通过全国品种审定，2005年通过湖北省品种审定，2008年通过贵州省和湖南省品种审定，2009年通过重庆市品种审定。技

可以量产/n成果简介：华皖油4号是由不育系245A与恢复系恢-4270选育而成的，属半冬性甘蓝型温敏型波里马细胞质不育两系杂交种，全生育期223天左右。2003-2004年度参加长江上游区油菜品种区域试验，平均亩产150.29公斤，比对照油研7号增产7.76％；2004-2005年度续试，平均亩产145.6公斤，比对照油研7号减产1.73％；两年区试平均亩产147.95公斤，比对照油研7号增产3.0％。2004-2005年度参加生产试验，平均亩产133.21公斤，比对照油研7号增产1.26％。于20

可以量产/n成果简介：华油杂15号由不育系206A和恢复系7－6选育而成，其具体特点如下：（1）形态特征：子叶肾脏形，苗期叶为园叶型，叶绿色，顶叶中等大小，有裂叶2-3对；黄花，花瓣相互重叠；株型为扇形紧凑；茎绿色；籽粒黑褐色，近圆形。（2）农艺性状：株高170-185厘米左右，一次有效分枝7-10个，二次有效分枝10个左右，主花序长75厘米左右；单株有效角果351.9个左右，主花序角果长5.5厘米左右，每果粒数20.7粒左右。千粒重3.0克左右。（3）产量性状： 2003-2005年在湖北省正式区

可以量产/n成果简介：华油杂14号是由不育系195A和恢复系恢-3531选育而成，属半冬性甘蓝型温敏型波里马质不育两系杂交种，全生育期219天左右。2003-2004年度参加长江中游区油菜品种区域试验，平均亩产194.1公斤，比对照中油821增产23.48％；2004-2005年度续试，平均亩产164.20公斤，比对照中油杂2号增产1.77％；两年区试平均亩产179.15公斤。2004-2005年度参加生产试验，平均亩产172.53公斤，比对照中油杂2号增产9.04％。2005年抗病鉴定结果：低抗菌

可以量产/n成果简介：华油杂12号是由不育系195A和恢复系7-5选育而成，属半冬性甘蓝型两系杂交种，全生育期218天左右。2003-2004年度参加长江中游区油菜品种区域试验，平均亩产182.58公斤，比对照中油821增产13.41％；2004-2005年度续试，平均亩产161.2公斤，比对照中油杂2号减产0.08％；两年区试平均亩产171.89公斤。2004-2005年度参加生产试验，平均亩产175.79公斤，比对照中油杂2号增产11.09％。于2005年、2006年分别通过湖北省、国家长江上游